Le débarcadère de Kato Koufonissi se trouve dans la baie de Panaghia, à l'est de l'île, à proximité d'une petite église et de l'unique taverne.
Les bateaux d'excursion qui assurent la navette avec Ano Koufonissi desservent également Nero Beach, une longue plage très populaire située plus à l'ouest.
