La capitale d'Anafi, Chora, se trouve au-dessus du port d'Aghios Nikolaos, à environ 260 m d'altitude. On y monte par une route en lacets de 2 km et un bus fait la navette.
Anafi est desservie par des ferries qui passent par Santorin et qui continuent en direction de la Crète et de Rhodes.
